Финансовый кризис болезненно отразился на банковских и корпоративных векселях: большинство ранее высоколиквидных векселей перестали котироваться. Фактически на нем осталась лишь ограниченная группа эмитентов. Рынок изменился и в том отношении, что векселя перестали использоваться как инвестиционный инструмент, а стали выполнять лишь функции средства платежа. В то же время вексельный рынок стал более самостоятельным, менее зависящим от рынка ГКО, а его относительная ликвидность в 1998 г. — начале 2000 г. была значительно выше, чем ликвидность других сегментов рынка долговых рублевых инструментов (облигаций Банка России, облигаций государственного сберегательного займа).
После кризиса 1998 г. на рынке банковских векселей стали выделяться три группы основных эмитентов, обладающие близкими уровнями доходности и ликвидности. Первая группа — векселя Сбербанка, ликвидность которых максимальна, а доходность, наоборот, минимальна.

Вторая — включает векселя «Газпромбанка» и РАО «Газпром», обладающих как высокой ликвидностью, так и достаточной доходностью. Эти векселя обеспечивают основной оборот на рынке. Третья группа объединяет векселя ряда банков не столь ликвидные, однако с достаточно высокой доходностью. Постепенно стал развиваться и рынок корпоративных векселей частных нефтяных и энергетических компаний. Крах рынка ГКО, падение интереса инвесторов к рынку акций, а также низкая ликвидность облигаций ЦБ в целом повысили роль вексельного рынка в мобилизации ресурсов, так как иных направлений финансовых вложений, кроме операций с валютой, в России практически не было.
После кризиса 1998 г. масштабы данного рынка резко сократились. Оборот в РТС в 1999 г. составлял 3 млн долл. в день против 200 млн долл. в день, в 1997 г. Были ликвидны акции всего нескольких компаний (в 1997 г. — акции более 100 компаний). Некоторое оживление рынка в 1999 г. было связано не с инвестициями, а с послекризисным переливом капитала и перераспределением собственности. Уменьшилось количество инвестиционных банков и брокерских компаний, занимающихся торговлей, и они по преимуществу работали на вторичном рынке, т.е. не были связаны с первичным размещением акций и с отечественными производственными компаниями.
Анализ эволюции фондовых рынков разных стран с переходной экономикой показывает, что российский фондовый рынок даже в лучший период (1996 — начало 1997 гг.) не удовлетворял условиям эффективности. После длительного и глубокого падения котировок и ликвидности этот рынок стал еще более далеким от формальных условий эффективности: процесс регистрации акций в России достаточно труден, комиссионные выше, чем в других странах, а уровень ликвидности продолжает оставаться крайне низким. После кризиса 1998 г. было потеряно доверие не только инвесторов, но и самих брокерских компаний друг к другу. Восстановление утерянного и совершенствование инфраструктуры стали главными направлениями будущего развития.