Банковская система пострадала не только от фискальной политики Минфина, но и от действий ЦБ. В предкризисный период ЦБ явно недооценил валютные риски КБ: риски по срочным операциям, а также риски, связанные с внешней задолженностью КБ. Резкое падение курса рубля даже без дефолта по ГКО приводило к значительным убыткам банков.
ЦБ был недостаточно решительным в борьбе с первыми проявлениями банковского кризиса. Выделение кредитов проблемным банкам происходило без отстранения их собственников и менеджеров от процессов управления. Кроме того, ошибкой являлось и то, что

ЦБ посчитал, что в условиях дефолта и моратория спрос на валюту со стороны КБ должен сократиться. Поскольку случилось обратное, то ломбардные кредиты ЦБ, направленные на стабилизацию ситуации, использовались КБ не для расчетов с вкладчиками, а для скупки валюты. Фактически произошел обмен ломбардных кредитов ЦБ на его же валютные резервы.
Эффективность начавшейся реструктуризации банковской системы под эгидой ЦБ также была невысокой, что выражалось в низких темпах инвентаризации платежеспособности банков, в медленном отзыве лицензий и медленной ликвидации банков с уже отозванной лицензией. Так, в 1999-2000 гг. существовало несколько сотен неликвидированных банков с отозванной лицензией, которые продолжали так или иначе действовать, оставаясь непрозрачными и фактически неподконтрольными ЦБ. К концу 2000 г. на пять действующих банков в России приходилось три банка с отозванной лицензией. Совокупные активы банков с отозванной лицензией на 31 декабря 2000 г. составляли 8,5% активов всех зарегистрированных банков, а активы банков, подлежащих ликвидации, составляли 210 млрд руб., что было равно почти половине всех активов Сбербанка. Проблема сохранения значительного числа все еще не ликвидированных банков была связана не с трудностями процедуры ликвидации, а с непомерно длительными сроками принятия соответствующего решения (в среднем до 10 месяцев, но иногда на это уходили и годы). За последние три года не было случаев ликвидации банков в год отзыва лицензии, хотя в основном отзывались лицензии небольших банков, с небольшим кредитным портфелем. Но важно и другое, что с принятием решения о ликвидации проблемы кредиторов банков также не решались. Улучшение работы с ликвидированными банками в послекризисный период являлось важнейшей задачей ЦБ, которая также решалась весьма вяло.