Выбранный путь дефолта и дальнейшей реструктуризации государственного долга допускал различные варианты. Хотя общая идея реструктуризации заключается в удлинении сроков погашения государственных обязательств и списании части долга, мировой опыт позволяет выделить четыре основные схемы данной процедуры. Во-первых, возможен обмен одних облигаций на другие облигации (с большим сроком обращения и с плавающей доходностью). Во-вторых, обмен облигаций на акции, доставшиеся государству в процессе приватизации. В-третьих, досрочный выкуп облигаций по некоторой фиксированной цене. В-четвертых, может происходить списание долговых обязательств. Возможна и комбинация этих схем.
С момента объявления о реструктуризации (18 августа 1998 г.) до момента принятия окончательного ее варианта (12 декабря 1998 г.) схема, предложенная Министерством финансов, претерпела значительные изменения. Суть ее заключается в следующем: значительное списание имевшейся задолженности, обмен по схеме «короткие облигации — длинные облигации» при выкупе государством лишь небольшой части старых облигаций по фиксированной цене. Так, в соответствии с окончательным вариантом общая номинальная стоимость обязательств по ГКО-ОФЗ со сроками погашения до 31 декабря 1999 г., имевшихся у инвесторов на 19 августа 1998 г., списывалась примерно наполовину. Неоплаченные купоны по ОФЗ также подлежали списанию с той же нормой дисконта. Подавляющая масса ценных бумаг при этом обменивалась на долгосрочные долговые обязательства государства: 3-5-летние облигации федерального займа.

Таким образом, окончательная схема реструктуризации явилась достаточно жесткой и позволяла резко снизить масштабы внутреннего государственного долга России. По некоторым оценкам, ущерб инвесторов от реструктуризации государственного долга составил 45 млрд долл.
Реструктуризация ГКО началась 15 декабря 1998 г., и сроки ее окончания были перенесены с 15 марта на 30 апреля 1999 г. К 30 апреля 1999 г. 88,5% нерезидентов и 95,6% резидентов подали заявку на обмен старых облигаций на новые. Средняя норма участия инвесторов в процессе реструктуризации составила 92,4%. Иными словами, несмотря на жесткость мер инвесторы осознавали всю бесперспективность требовать большего у российского государства.
Одновременно с обменом ценных бумаг ЦБ РФ попытался «разъединить» валютный рынок и рынок государственных ценных бумаг, чтобы до минимума снизить воздействие процесса реструктуризации инвестиционного портфеля нерезидентов на валютный рынок. Были введены специальные ограничения, жестко регламентирующие процедуру обмена рублей и ценных бумаг, имеющихся у нерезидентов, на доллары по курсу, определяемому не рыночными механизмами, а решениями ЦБ. Процедуры конвертации доходов, предусмотренные для нерезидентов, действительно ограничили отток капитала в 1999 г. и снизили воздействие нерезидентов на валютный рынок.
После погашения 16 июня 1999 г. последнего выпуска ГКО финансовый рынок лишился единственного краткосрочного потенциально надежного и ликвидного финансового инструмента. Облигации Банка России (ОБР), выпущенные после кризиса и по своим характеристикам напоминавшие ГКО, в феврале 1999 г. были погашены. Последующие эмиссии ОБР были приостановлены. Этот вид бумаг в целом не смог занять место ГКО.
Обнаружилась и другая диспропорция на рынке государственных обязательств. Подавляющая часть представленных на рынке в 1999 г. государственных облигаций имела срок погашения не ранее 2002 г., что снижало их привлекательность для инвесторов. Существовавшая потребность в надежных краткосрочных ценных бумагах оказывалась, таким образом, неудовлетворенной. Поэтому денежные средства, которые инвесторы получили после погашения ГКО и купонного дохода по ОФЗ, не направлялись на рынок государственного долга, а активно выводились с него. Сужение рынка государственных ценных бумаг продолжалось.