Невзирая на тот факт, что руководство различных предприятий в основном согласно с несомненной пользой, которую приносит внедрение системы бюджетирования в подразделениях, тем не менее

существует ряд проблем организационного характера, которые препятствуют ее постановке.
К таким проблемам можно отнести:
1) отсутствие ясного понимания у руководства целей внедрения системы бюджетирования;
2) отсутствие однозначной организационной структуры предприятия, регламентирующей разграничение ответственности;
3) отсутствие согласованности интересов и целей в различных подразделениях предприятия;
4) сопротивление работников, которых начинают «нагружать» лишней плановой и контрольной работой.
Все эти проблемы так или иначе придется решать, если предприятие решило внедрить бюджетирование. Наиболее важной является первая проблема, от ее решения зависит успех всех начинаний. Простого решения наподобие проведения своеобразного управленческого «ликбеза» здесь недостаточно. И дело не столько в безграмотности руководства, сколько в том, что на практике внедрение системы бюджетирования предполагает делегирование руководством части своих полномочий по принятию управленческих решений подчиненным.
Для решения других проблем также необходим целый комплекс мероприятий, реализация которых, как правило, затягивается на длительный период (по оценкам ряда специалистов, примерно на год).
Прежде всего, необходимо решить проблему структуризации подразделений предприятия, так как различные организационные структуры будут влиять на выбор центров затрат при постановке бюджетирования. Так, например, если предприятие разграничивает свою деятельность в рамках процессов или стратегических зон хозяйствования, то целесообразно внедрять отдельные системы бюджетирования по каждому процессу или каждой стратегической зоне хозяйствования для оценки их эффективности, а уже затем сводить их воедино в целом по предприятию. Если же предприятие имеет традиционную функциональную организационную структуру, то в таком случае можно обойтись постановкой одной системы бюджетирования.